El Ministerio de Ciencia e Innovación tiene instituidos, desde 2001, diez Premios Nacionales de Investigación:

• Premio Nacional de Investigación "Blas Cabrera", para el área de Ciencias físicas, de los materiales y de la Tierra
• Premio Nacional de Investigación "Enrique Moles", para el área de Ciencia y tecnología químicas
• Premio Nacional de Investigación "Alejandro Malaspina", para el área de Ciencias y tecnologías de los recursos naturales
• Premio Nacional de Investigación "Julio Rey Pastor", para el área de Matemáticas y tecnologías de la información y las comunicaciones
• Premio Nacional de Investigación "Juan de la Cierva", para el área de Transferencia de tecnología
• Premio Nacional de Investigación "Gregorio Marañón", para el área de Medicina
• Premio Nacional de Investigación "Santiago Ramón y Cajal", para el área de Biología
• Premio Nacional de Investigación "Leonardo Torres Quevedo", para el área de Ingenierías
• Premio Nacional de Investigación "Pascual Madoz", para el área de Derecho y Ciencias económicas y sociales
• Premio Nacional de Investigación "Ramón Menéndez Pidal", para el área de Humanidades.

El objetivo de los diez Premios Nacionales de Investigación es reconocer el mérito de aquellos investigadores españoles que estén realizando una labor destacada en campos científicos de relevancia internacional, y que contribuyan al avance de la ciencia, al mejor conocimiento del hombre y su convivencia, a la transferencia de tecnología y al progreso de la Humanidad.

Cada año se convocan cinco Premios Nacionales de Investigación correspondientes a cinco de las áreas señaladas

Los premios serán concedidos por haber realizado una investigación relevante en el campo de especialización correspondiente. Los candidatos serán investigadores de nacionalidad española en activo.